Έντονη ήταν η αντίδραση του Αρχιεπισκόπου Ιερώνυμου στις αλλαγές που προωθεί το υπουργείο Παιδείαςστο μάθημα των Θρησκευτικών, με το επιχείρημα που επικαλείται ο Νίκος Φίλης το «να γίνει μάθημα γνώσης των θρησκειών και βεβαίως της Ορθοδοξίας και όχι ομολογιακό, κατηχητικό».
Ο Αρχιεπίσκοπος έκανε λόγο για «απαράδεκτα και επικίνδυνα πράγματα, που δεν θα αποδώσουν καρπούς αλλά θα προκαλέσουν μεγάλη ζημιά στην Παιδεία γενικότερα, στην κοινωνία και ρήξη στις σχέσεις Εκκλησίας-Πολιτείας» απευθύνοντας έκκληση προς τον Πρωθυπουργό να παρέμβει.
Απαντώντας ο υπουργός Παιδείας Νίκος Φίλης επισήμανε ότι «τα νέα προγράμματα του μαθήματος των θρησκευτικών είναι αποτέλεσμα πιλοτικής εκπαιδευτικής εμπειρίας τριών ετών καθώς και πολύμηνου διαλόγου με τους εκπαιδευτικούς- θεολόγους και εκπροσώπους της Εκκλησίας».
«Είναι λάθος ένα ώριμο αίτημα όπως η αναβάθμιση του μαθήματος των θρησκευτικών από ομολογιακό σε μάθημα γνώσης των θρησκειών, με ιδιαίτερη έμφαση στην Ορθοδοξία, να μετατρέπεται σε αφορμή ακατανόητης αντιδικίας και κινδυνολογίας» υποστήριξε , σημειώνοντας πως «το Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων είναι πάντοτε ανοικτό στο διάλογο με την Εκκλησία και προσωπικά με τον Αρχιεπίσκοπο Αθηνών, με τον αυτονόητο αμοιβαίο σεβασμό των διακριτών θεσμικών ρόλων».
