Ο Γιάννος Παπαντωνίου με την υπογραφή του συναίνεσε στις αξιώσεις της εταιρείας Thales που είχε αναλάβει το έργο του εκσυγχρονισμού έξι φρεγατών του Πολεμικού Ναυτικού και τα αντισταθμιστικά ωφελήματα που απέρρεαν από τη σύμβαση των περίπου 380 εκατ. ευρώ.
Σύμφωνα με τη δικογραφία για τα Α/Ω εστάλη στη Βουλή για να διερευνηθούν τυχόν ποινικές ευθύνες του πρώην ΥΠΕΘΑ, με την έγκριση του άναψε το πράσινο φως για να μειωθεί κατά 20 εκατ. ευρώ το υποκατασκευαστικό έργο ωφελώντας την κατασκευάστρια εταιρεία.
